Tiêu hóa là một quá trình phức tạp được kiểm soát bởi một số yếu tố. pH đóng một vai trò quan trọng trong đường tiêu hóa hoạt động bình thường. Trong miệng, hầu và thực quản, độ pH thường khoảng 6,8, có tính axit rất yếu. Nước bọt kiểm soát độ pH trong vùng này của đường tiêu hóa. Amylase nước bọt được chứa trong nước bọt và bắt đầu phân hủy carbohydrate thành monosaccharide . Hầu hết các men tiêu hóa nhạy cảm với pH và sẽ biến tính trong môi trường pH cao hoặc thấp.

Tính axit cao của dạ dày ức chế sự phân hủy của carbohydrate bên trong nó. Tính axit này mang lại hai lợi ích: nó làm biến tính protein để tiêu hóa thêm trong ruột non, và cung cấp khả năng miễn dịch không đặc hiệu, làm hỏng hoặc loại bỏ các mầm bệnh khác nhau.[cần dẫn nguồn]

Trong ruột non, tá tràng cung cấp sự cân bằng pH quan trọng để kích hoạt các enzym tiêu hóa. Gan tiết ra mật vào tá tràng để trung hòa các điều kiện có tính axit từ dạ dày, và các ống tụy đổ vào tá tràng, thêm bicarbonate để trung hòa các axit nhũ mi trấp, do đó tạo ra một môi trường trung tính. Mô niêm mạc của ruột non có tính kiềm với độ pH khoảng 8,5.[cần dẫn nguồn]